Wie alle Organsysteme, so kann auch das Immunsystem erkranken: Zum einen ist es möglich, dass es Abwehrreaktionen gegen Substanzen zeigt, die es eigentlich ignorieren sollte. Dies ist bei Allergien und Autoimmunerkrankungen der Fall, deren grundsätzliche Aspekte in diesem Abschnitt dargestellt werden. Die einzelnen allergisch oder autoimmun (mit) bedingten Erkrankungen finden Sie dann in den entsprechenden Organkapiteln.
Umgekehrtes passiert bei den Immundefekten: Hier zeigt das Immunsystem keine Abwehrreaktion, obwohl es dies eigentlich tun sollte. Angeborene Immundefekte sind selten und machen sich bereits im Kindesalter bemerkbar. Im Erwachsenenalter bedeutsam sind behandlungsbedingte Immun[abwehr]schwächen, etwa bei der Behandlung mit Zytostatika oder Immunsuppressiva sowie die HIV-Infektion mit dem Vollbild AIDS, bei der die Viren vor allem die Abwehrzellen befallen. Aber Vorsicht: „Ständige Infekte“ sind in aller Regel keine Immunschwäche. Normal ist außerdem ein gewisses Nachlassen und „Fehlfunktionieren“ des Immunsystems mit zunehmendem Alter, was aber nicht zwangsläufig Krankheiten zur Folge hat.
